A estrutura orgânica do IEM (ver organigrama) integra a Direcção, constituída pelo Presidente e dois Vice-Presidentes, o Orgão de Fiscalização, a Direcção de Planeamento e Promoção de Emprego (DPPE), o Centro de Emprego (CE), a Direcção Administrativa e Financeira (DAF), o Gabinete de Apoio Técnico e Jurídico (GATJ), o Gabinete de Promoção e Imagem (GPI), os Serviços de Apoio à Presidência (SAP) e o Gabinete de Informática e Comunicações (GIC).

Com a aprovação dos Estatutos os serviços na dependência da Direcção podem sofrer alterações.